В составе ФШПО организованы следующие постоянно действующие комиссии(органы Федерации):
Судейско-квалификационная комиссия (СКК ФШПО)
Совет по развитию детско-юношеских шахмат (ДЮС ФШПО)
Комиссия по шахматному образованию и социальным проектам (КШОиСП)